GBIF wprowadził nowy Phylogenetic Explorer na Portalu Danych Roślin Strączkowych, projekcie Grupy Roboczej ds. Filogenomiki Roślin Strączkowych. Wydane w celu wsparcia przemówień otwierających 8. Międzynarodową Konferencję Roślin Strączkowych (8ILC) w Pirenópolis w Brazylii w dniu 6 sierpnia 2023 r., to narzędzie do wizualizacji oferuje nowy widok danych dotyczących występowania gatunków z sieci GBIF, organizując je zgodnie z aktualnymi dowodami filogenetycznymi na temat ewolucyjnych relacji między gatunkami w ramach dużej, kosmopolitycznej rodziny roślin strączkowych.
Domyślny widok w narzędziu eksperymentalnym przedstawia dane o występowaniu pozyskane za pośrednictwem GBIF, dostosowane do niedawno opublikowanej filogenezy gatunków roślin strączkowych cezalpinioidalnych (Ringelberg i in. 2023). Użytkownicy mogą przeglądać i wybierać zapisy dla 1860 gatunków na końcach drzewa filogenetycznego, a także niektórych taksonów wyższego rzędu na połączeniach w gałęziach. Wszystkie taksony są dopasowane do taksonomii szkieletowej GBIF, więc mapa wyświetlana dla poszczególnych gatunków w filogenezie odpowiada mapie gatunków dostępnej na GBIF.org.
Nowość przeglądarki polega na możliwości mapowania wystąpień dla całego kladu lub grupy taksonów połączonych jednym wspólnym przodkiem za pomocą jednego kliknięcia. Użytkownicy mogą również wybierać i porównywać wiele kladów, w tym blisko spokrewnione klady siostrzane, nawigować po drzewie filogenetycznym, zmieniać widoki i kolory map oraz pobierać wybrane przez siebie wystąpienia. Ten trwający wysiłek badawczo-rozwojowy opiera się na wnioskach wyciągniętych z dwóch poprzednich projektów, PhyloJive i PhyloLink.
- Phylogenetic Explorer przedstawia dużą, ekologicznie ważną i globalnie rozmieszczoną rodzinę, która może służyć jako przykład dla systematyków na całym świecie — mówi Anne Bruneau z Uniwersytetu w Montrealu. - Nasza grupa robocza pracuje jako społeczność od 2010 roku, aby ułatwić i rozpowszechnić badania nad systematyką, taksonomią i bioróżnorodnością roślin strączkowych, więc jesteśmy podekscytowani tymi postępami.
Portal Danych Roślin Strączkowych, wspierany przez Canadensys i GBIF, działa jako instancja hostowanej usługi portalowej GBIF. Członkowie grupy roboczej korzystali z wczesnych wersji przeglądarki w celu wsparcia kurateli społeczności, co doprowadziło do opublikowania pierwszej wersji globalnej listy kontrolnej roślin strączkowych zatwierdzonej przez społeczność, która poprawia dokładność występowania, różnorodność biologiczną i dane taksonomiczne. Po tej pierwszej publicznej wersji planowane są dalsze ulepszenia i partnerstwa, więc komentarze i opinie użytkowników są mile widziane za pośrednictwem [email protected].
- Jestem przekonany, że umożliwienie tej zmiany perspektywy na klasyfikację opartą na DNA otworzy nowe możliwości badawcze — zapewnia Joe Miller, sekretarz wykonawczy GBIF. - Jednak równie ekscytująca jest obietnica, że ten techniczny wysiłek badawczo-rozwojowy może bezpośrednio wspierać istotne dla polityki wskaźniki różnorodności filogenetycznej.