rgbif je balíček R od rOpenSci, který umožňuje vyhledávání a získávání dat z GBIF. rgbif obklopuje kód R kolem API GBIF, abyste mohli komunikovat s GBIF z R a přistupovat k metadatům, názvům druhů a výskytům.
Instalace balíčku v R je jednoduchá:
> install.packages("rgbif")
Po instalaci vám rgbif umožňuje snadno
- získat data pro jednotlivé výskyty
- načíst více výskytů
- vyhledávat názvy taxonů
- generovat mapy výskytů
Úplná funkčnost je popsána v tutoriálu rgbif. Balíček rgbif je také součástí balíčku SPOCC Species Occurrence Data, který poskytuje přístup k záznamům o výskytu z různých databází.
Citace dat získaných prostřednictvím rgbif
Poznámka: GBIF doporučuje používat odvozenou datovou sadu pro citování dat získaných pomocí synchronních volání API, jak je používá rgbif v occ_data() a occ_search().
U dat získaných pomocí tras occ_download() lze k získání DOI použít funkci gbif_citation().
Knihovna rgbif obsahuje funkci gbif_citation(), která vám pomůže správně citovat data stažená z GBIF. Pro použití stačí předat buď klíč jednoho výskytu, klíč datové sady, nebo výsledky volání funkce occ_download_get.
Příklady:
Vytvoření souboru CSV obsahujícího souhrn datových sad pro použití s nástrojem Odvozené datové sady
> myData<-occ_data(taxonKey=10709636)
> datasetCounts<-myData$data %>% count(datasetKey, sort=TRUE)
> write.table(datasetCounts, "~/derivedDatasetCounts.txt",col.names=FALSE, row.names=FALSE,sep=",")
Získání citace pro jeden výskyt s předáním klíče výskytu jako argumentu
> gbif_citation(x=1265576727)
<<rgbif citation>>
Citation: iNaturalist.org (2017). iNaturalist Pozorování na úrovni výzkumu.
Datová sada o výskytu https://doi.org/10.15468/ab3s5x přístupná prostřednictvím GBIF.org dne 2017-10-25.. Dostupné z R prostřednictvím rgbif
(https://github.com/ropensci/rgbif) dne 25. 10. 2017
Práva:
Získání citace pro datovou sadu s předáním klíče datové sady jako argumentu
> gbif_citation(x='d52d01f6-7472-4dbf-9ea8-a33c343255ac')
<<rgbif citation>>
Citation: Moeslund J E (2016). Data o vegetaci z chráněných území v
Dánsku (§ 3 dánského zákona o ochraně přírody). Verze 8.1.
Katedra biologických věd, Aarhuská univerzita. Datová sada o výskytu https://doi.org/10.15468/ar7pbr přístupná prostřednictvím GBIF.org dne 2017-10-25..
Dostupné z R prostřednictvím rgbif
(https://github.com/ropensci/rgbif) dne 25. 10. 2017
Práva:
Získání citace pro asynchronní stahování, předání výsledků volání funkce occ_download_get:
> my_download<-occ_download_get("0005737-171002173027117",overwrite=TRUE)
Velikost staženého souboru: 0,26 MB
Na disku v /tmp/0005737-171002173027117.zip
> gbif_citation(my_download)
$download
[1] "GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.j0ehrr Přístup z R přes rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) dne 2017-10-18"
...
Tato odpověď bude obsahovat i jednotlivé citace přispívajících datových sad, avšak výše uvedená citace obsahující DOI bude obsahovat odkazy na každou z nich včetně informací o tom, které konkrétní výskyty byly zahrnuty do stahování.
Získání citace pro asynchronní stahování, předání výsledků volání funkce occ_download_get:
> my_download_metadata<-occ_download_meta("0005737-171002173027117")
> gbif_citation(my_download_metadata)
$download
[1] "GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.j0ehrr Accessed from R via rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) on 2017-10-18"
...